eNews

2021.12.31

eNews第46期

 

 

Cancer Genomics Cloud的使用經驗分享

自生物資訊領域開始發展以來,數據量就一直是個重要的課題,隨著電腦技術躍進,舉凡DNA定序、基因表現微陣列 (Gene expression microarrays) 等數據議題有更多人投入研究並逐一克服。伴隨著電腦與科技的發展,生物科技也從沒停止演進過,到了次世代定序 (Next generation sequencing) 的發明,大型合作研究、追蹤型研究、世代研究 (cohort studies)、縱貫型研究等,已經不僅是單純電腦容量的問題,因為還包括複雜的分析工具、視覺化呈現、重複性流程等工作,電腦的處理器 (CPU)、讀取記憶體 (RAM) 也都得跟著升級。而一般的實驗室其實很難具有這些設備及達成這些工具上的要求,除了少部分專業且經費充裕的核心實驗室,他們能夠擁有自身大型的伺服器、與經驗豐富的生物資訊分析專家可以協助。為了讓這些問題妥善地解決,所以癌症基因組雲 (The Cancer Genomics Cloud, CGC)便應運而生。

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臺北醫學大學 醫學資訊研究所 李元綺副教授

R軟體 – Kaplan-Meier存活曲線的繪製

存活分析中很常使用存活曲線呈現追蹤時間(或存活時間)和感興趣事件的發生情況,或者藉由不同群體之間的存活曲線圖形比較存活差異,本期 eNews 內容將介紹如何使用 survminer 套件繪製基本存活曲線,以及透過調整 ggsurvplot() 函數中的指令,進一步客製化存活曲線。

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蔡靜雯 副統計分析師

 

數據科學家諮詢服務

諮詢人員 數據科學家團隊
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三院駐點諮詢

因應疫情鼓勵同仁多加利用線上諮詢,同仁可透過中心網站預約線上諮詢服務。
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醫院駐點服務 時間 聯絡窗口
北醫附設醫院 請洽附設醫院研究部 Tel: 2737-2181 #3748
萬芳醫院 請洽萬芳醫院研究部 Tel: 2930-7930 #7206
雙和醫院 請洽雙和醫院研究部 Tel: 2249-0088 #8861

 

 


 

 

開放資料(Open Data)蒐集
 

為促進本校同仁對於開放資料之認識並推廣使用,本中心自國內外蒐集醫療相關開放資料,提供給有需要之同仁參考使用。

 

資料來源

 資料內容

PhysioNet
https://physionet.org/


 

醫院感染患者重症監測數據庫

健康受試者的 RR 間隔時間序列

健康志願者清醒和休息時的皮膚電活動

VinDr-SpineXR:射線照片中檢測和分類脊髓損傷的醫學圖像數據集

RSVP 任務之 EEG 訊息

早產兒心肺信號數據庫

STAFF III 數據庫

NeuroQWERTY MIT-CSXPD 數據集

CHARIS 數據庫

來自 MIMIC-II 數據庫的臨床數據,用於留置動脈導管的案例研究

Ranolazine、Dofetilide、Verapamil及Quinidine之心電圖影響

長期運動監測數據庫

DATA CATALOG
https://catalog.data.gov/dataset/

COVID-19 期間護理照護減少狀況

醫療保險和醫療補助服務中心與療養院匹配資料

全國吸毒家庭調查 (NHSDA-1995)

退伍軍人健康管理局醫療設施

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