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TCGA

TCGA資料庫申請使用

美國癌症基因體圖譜計畫TCGA (The Cancer Genome Atlas) 大規模地蒐集特定癌症病患的相關臨床記錄、腫瘤組織以及相對應正常組織，進行定序以及生物資訊分析，整合資料並公開定序資料與分析結果於官方網站供大家瀏覽及下載，利於世界各地的科學家、研究人員或是學術單位取得使用。其目的是希望流通知識、促進研究，並打造完整的癌症基因組資訊，助於癌症的預防、診斷與治療。

TCGA包含兩類別資料：Controlled datasets (Level 1 raw data) and Open datasets (Level 3)

 

資料申請類型

Access Tiers Open Data Controlled Data
Whole-exome Sequencing (WXS)
  • Masked Somatic Mutation
  • Aligned Reads
  • Raw Simple Somatic Mutation
  • Annotated Somatic Mutation
  • Aggregated Somatic Mutation
RNA Sequencing
  • Gene Expression Quantification
    • Raw read counts
    • FPKM
    • FPKM-UQ
  • Aligned Reads
miRNA Sequencing
  • miRNA Expression Quantification
  • Isoform Expression Quantification
  • Aligned Reads
Genotyping Array
  • Copy Number Segment
  • Masked Copy Number Segment
  
Methylation Array
  • Methylation Beta Value
  
Clinical Information
  • Clinical Supplement
  

申請人資格

  • 必須為北醫體系內之Principal Investigator (PI) 或是在工作機構中具有同等身分的職位。博士後研究員、研究所學生以及實驗室同仁，只能被列為合作伙伴。此外，若合作對象為校外之人員，必須獨立申請資料使用權。
  • 必須與工作機構中的Signing Official (SO) 共同簽署申請書，通常SO為校長，且申請人與SO不可為同一人。
  • 申請人與SO必須同意並執行TCGA資料使用條款 。

申請方式

申請人應填寫BIC002生醫資料使用申請單，勾選所需資料類別 (例如 RNA-Seq、Gene expression…等)，並與生資中心預約諮詢時間，待諮詢後即可取得資料。此外，申請人亦可與生資中心尋求後續相關分析服務與合作。

相關連結

生物資訊中心運用TCGA基因表現資料，建立基因表現與存活性相關分析平台，北醫體系人員可透過mail帳號登入使用
 


使用規則

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