臺北醫學大學「三院臨床研究資料庫」與「國際觀察性健康數據科學與資訊學聯盟(OHDSI)」完成國際鏈結
一、國際觀察性健康數據科學與資訊學聯盟(OHDSI)簡介
國際觀察性健康數據科學與資訊學聯盟(The Observational Health Data Sciences and Informatics, OHDSI) 是由美國哥倫比亞大學為首之全球性及非營利的跨學科和開放科學的網絡聯盟,其願景為利用大數據分析和人工智慧方法,提升臨床醫學資料價值,實現跨領域的多方研究合作,解決醫學領域問題。目前,已有包含美國、加拿大、英國、澳洲等幾十多個國家地區之學校(如哈佛醫學院、史丹佛醫學院等)、醫院與企業(如IQVIA、嬌生、諾華、甲骨文與IBM等)參與了OHDSI全球協作網路,目前擁有超過6億以上的臨床數據,並發表了上百篇學術論文。
二、OHDSI 在亞洲及台灣的歷史
OHDSI的亞太地區(Asia-Pacific Community, APAC)目前包括六個區域分會:韓國(2014年加入)、中國(2016年加入)、日本(2019年加入)、澳洲(2019年加入)、新加坡(2020年加入)、台灣(2020年加入)。臺北醫學大學的數據處是台灣率先推動加入OHDSI的組織,歷經半年的醫學數據資料庫的資訊接軌工程後,於2020年12月15日正式成立「OHDSI Taiwan Chapter」,帶領台灣加入OHDSI聯盟。首屆OHDSI亞太地區研討會(APAC Symposium)於2020年12月5日至6日舉行,它為亞太合作夥伴(以及世界各地的其他合作夥伴)分享提供了區域的最新信息和研究成果,並開展了區域性活動及網絡討論的機會。為了促進亞太地區跨國間更多的協作合作,我們每兩週舉行一次亞太地區通訊會議(APAC Community call),除了提供更新的區域進展資訊外,也共享最新的研究報告,且就共同感興趣的主題進行合作討論。
OHDSI 台灣辦事處(Taiwan Chapter)目前由臺北醫學大學許明暉數據長及徐之昇副數據長擔任共同主席(Co-Chair),辦事處目前有6為核心成員,除了於2021年3月開始規劃建置OHDSI Taiwan Chapter之中英文版官方網站外,亦於2021年4月1日與IQVIA企業全球總部簽訂多國研究合作備忘錄(MOU),未來將參與及發展多項跨國研究合作計畫。
三、北醫三院臨床研究資料庫(TMUCRD)簡介
自2015年起,臺北醫學大學的數據處開始整合三家附屬醫院(北醫附醫、萬芳醫院、雙和醫院)的電子病歷數據庫,形成了臺北醫學大學臨床研究資料庫(TMUCRD)。
它結合了三家醫院的各種電子病歷數據,包括結構化數據(例如病患的基本訊息、就醫資訊、檢驗報告、診斷結果、治療步驟、手術和用藥情形等資訊)和非結構化數據(例如醫師記錄、病理報告、醫學影像報告),彙整為可分析的數據。TMUCRD涵蓋的數據期間為1998年至2020年,自2008年以起,因雙和醫院加入北醫體系,該資料庫涵蓋了三家醫院的完整數據,數據的內容包括10個類別、60個資料表和2355個欄位,且各類資料表可相互鏈接。截至2019年底,該資料庫共累積了全台將近365萬名病患的就醫資訊。
臺北醫學大學的數據處過去已透過許多機會向OHDSI全世界各國介紹北醫臨床研究資料庫,包含OHDSI亞太地區國際線上研討會(APAC Symposium)的口頭及壁報發表,以及亞太地區通訊會議(APAC Community call)等。
四、運用ETL工具將臨床資料庫轉換成國際標準 OMOP 通用數據模型,完成數據平台國際接軌
OMOP-CMD通用資料模型(Common data model, CDM)是國際上統一的資料標準,規範觀察性資料的格式和內容,支援不同來源的觀察性資料。通過資料的擷取、轉換和載入(Extraction-Transformation-Loading,ETL)過程,形成標準化的數據結構,在此基礎上可以進行資料的查詢和分析等應用。
CDM設計是為了滿足對醫療干預(藥物、手術、政策變化)與療效(出現某種病情、手術、使用了某種藥物)之間關聯關係的甄別和評估的科研需要。需要利用臨床事件(診斷、觀察、手術等)給治療手段或療效定義一些特殊的Patient Cohort。
臺北醫學大學的數據處於2020年9月啟動OHDSI-CDM的嫁接工程,透過OHDSI總部的協助,舉辦了一系列TMU-OHDSI OMOP CDM嫁接之跨國技術指導線上會議,於2020年12月成功完成北醫臨床資料庫與OHDSI-CDM的大數據平台接軌工程。
五、積極參與多項國際大型合作研究計畫
基於已完成北醫三院臨床研究資料庫與OHDSI-OMOP-CDM的大數據鏈接平台之建立,北醫的臨床數據資料可與來自19國家(超過100個資料庫)進行國際接軌之標準化合作研究。
截至目前,我們已參與了三項跨國大型合作研究計畫,包括降血壓藥物接續療法預後分析、抗凝血藥物效益、H2受體阻抗劑之癌症安全性等計畫,未來也期許與更多國際學者專家共同交流,進行國際大型研究計畫之合作。
六、積極籌組OHDSI國內醫院數據聯盟
除了臺北醫學大學之三家附屬醫院(北醫附醫、萬芳醫院、雙和醫院)之醫院臨床數據外,OHDSI 臺灣辦事處近來也積極籌組國內醫院數據聯盟。截至目前,OHDSI台灣辦事處已與國內許多醫院進行交流討論並達成實質合作協議,包括:國立臺灣大學附設醫院、嘉義基督教醫院、奇美醫院、童綜合醫院、秀傳醫院等,期待未來國內有更多醫療機構共同加入OHDSI國內醫院數據聯盟的行列。
七、未來發展方向
2020年為北醫運用三院臨床研究數據資料庫與OHDSI聯盟接軌之國際合作導入期,以共同解決國際臨床實務問題。2021年,我們設定為北醫臨床研究資料庫之國際合作成長期,透過參與多項國際大型研究計畫,與其他全世界先進國家的臨床資料庫進行多方合作交流,以發揮北醫臨床數據資料的價值。
未來,我們期望2022年為北醫臨床研究國際合作的成熟期,屆時,規劃運用本身既有研究成果,帶領更多國際專業夥伴,進行跨國的資料蒐集與共同合作。